Der Mercosur und die Europäische Union haben bereits 1995 ein Assoziierungsabkommen unterzeichnet, welches eine Vorstufe zum geplanten Handelsabkommens ist. Über das geplante, erweiterte Handelsabkommen wird seit 2000 zwischen der EU-Kommission und dem Mercosur verhandelt. Das EU-Mercosur-Abkommen soll laut EU-Kommission Zollschranken auf dem Markt beseitigen, der für Agrarexporte aus dem Mercosur in die EU von großer Wichtigkeit ist. Aus Sicht der EU ist das Ziel dieses Abkommens der Markenschutz für europäische Produkte und die Steigerung des Exports von Industrieprodukten wie z.B. Autos.
Die Verhandlungen stocken immer wieder, Hauptstreitpunkt ist der von den Mercosur-Staaten geforderte größere Marktzugang im Agrarbereich. GLOBAL 2000 kritisiert das Abkommen, weil es den wirtschaftlichen Druck auf kleinräumige, nachhaltige Landwirtschaft in Europa weiter erhöhen würde. Die Folge wäre ein weiteres Sterben von kleinen Bauernhöfen. Die Ausweitung des Handels mit landwirtschaftlichen Produkten aus Südamerika hätte unter den derzeitigen Bedingungen auch massive negative Auswirkungen für die Umwelt:
Einfalltor für Gen-Soja
Schon heute ist die EU der wichtigste Absatzmarkt für den Mercosur: das mit Abstand wichtigste Handelsprodukt sind Sojabohnen (und Sojaschrot), sehr viel davon gentechnisch verändert (in Argentinien sind fast 100 Prozent, in Brasilien 96 Prozent des Soja genmanipuliert). Auf dieses wichtigste Exportprodukt des Mercosur gilt schon seit den frühen 1960er-Jahren Zollfreiheit in der EU.